Seebronn wurde 1182 zum erstem Mal urkundlich erwähnt.

Seebronn war ein mittelalterliches Dorf unter lokalen Adelsfamilien bis es Mitte des 14. Jahrhunderts an die Hohenberger ging.

Aus Geldnöten verkaufte/verpfändete Graf Rudolf III. von Hohenberg große Teile seiner Grafschaft an die Habsburger. Damit kam Seebronn, wie viele Orte in der Umgebung,  unter die vorderösterreichische Herrschaft.

In der napoleonischen Neuordnung gingen die Besitzungen im Jahr 1805 an das Königreich Württemberg.

Ab 1817 gehörte Seebronn zum Oberamt Rottenburg.

Seit 1938 zählte der Ort zum Kreis Tübingen.

Im Jahr 1972 wurde Seebronn ein Stadtteil der Stadt Rottenburg.